最新のffmpegをお勧めします。
MyHome Portal
では、mpg,mov,m2ts(AVCHD)の動画をブラウザ内で再生できるように、ffmpegを使ってflvに変換しています。
古いffmpegを使っていたので、最新のものにしてみたら、うまく変換できなかったm2tsが変換できるようになりました。
MyHome Portalで動画再生をされている方は、ffmpegを最新のものにされることをお勧めします。
以下からWindows用バイナリがダウンロードできます。
flvファイルを再作成したい場合は、MyHome Portalアルバムの「動画一括変換」で、「既にflvがある場合、再変換してflvを上書きする。」をするにチェックをして一括変更実行してください。
(追記)
このブログを書いた後で、上書きテストしたら出来ませんでした。不具合を修正したVer.2.77をリリースしました。